Suikastin arkasında Mossad'ın ve kontrgerilla'nın olduğu da iddia edilmiştir. Ergenekon Davası sanıklarından Ümit Oğuztan, iddianamede yer alan ifadesinde, Mumcu'nun seri numarası silinmiş ve şu an Irak Devlet Başkanı olan Kürdistan Demokratik Partisi lideri Celal Talabani'ye götürülen silahlarla ilgili araştırması nedeniyle öldürüldüğünü iddia etti. Ayrıca ağabeyi Ceyhan Mumcu kendi yaptığı araştırmada ölümüne yakın bir süre içerisinde Mossad ve Barzani ilişkisi ortaya çıkınca israil büyükelçisinin ısrarla kardeşi Mumcu'yla birebir olarak görüşmek istediği, ancak Uğur'un tek görüşmeyi kabul etmemesine rağmen görüşmenin yapıldığını belirtmiştir.
Mumcu'nun eşi Güldal Mumcu'yu ziyaretleri sırasında dönemin Başbakanı Süleyman Demirel, Başbakan Yardımcısı Erdal inönü ve içişleri Bakanı ismet Sezgin, "cinayeti çözmenin, devletin namus borcu olduğu"nu belirterek adeta namus sözü verdiler (1993). Suikastin failleri yakalanamamıştır.
