genel başkanlık tarihinde 2 defa genel kurmay ile polemik yaşamıştır. ilki 2008 yılında yaşar büyükanıt ile diğeri de necdet özel ile.
yaşar paşa ile yaşadığı güneş harekatı'ndaki geri çekilme ile ilgilidir. operasyonun abd isteğiyle sonuçlandığı iddiaları ile yaşanmıştır. necdet özel ile olan şah-fırat operasyonu ile olandır.
