beşeri bilimlerden aldığı yüksek notlarla sadece ortalama bir öğrenciydi. 1945'te orta okulun 4. yılında edebiyat ve felsefeden çok yüksek, matematik ve kimyadan zar zor geçer notlar aldı. ritimleri ve melodileri ayırt edemiyordu. hiçbir zaman dans etmeyi ya da müzik aleti çalmayı öğrenemedi. ingilizcesi de çok kötüydü. dördüncü yılında 10 üzerinden 3 ortalama yapmıştı. ama evde annesinden öğrendiği fransızcası etkili ve akıcıydı. sınıf arkadaşlarına göre kültür ve eğitim seviyesi yaşıtlarınkinden daha yüksekti. bütün nobel edebiyat ödülü kazanan kitapları alıp okurdu. tarih ve edebiyat profesörleriyle yoğun tartışmalara girerdi. okuldaki yetersizliği ders programlarının dışında kalan faaliyetlerden kaynaklanıyordu. satranç, rugby ve il karayolları inşaat müdürlüğünde işe başlaması yüzünden. ama okuldaki eğilimlerinde belli bir süreklilik mevcuttu. 1938 tarihli ilkokul karnesinde resim, el sanatları ve müzikte yetersiz, aritmetik ve geometriden ortalama notlar almışken, en iyi notları tarih, yurttaşlık ve ahlak derslerinden almıştı.
bütün bunlar olurken o dönemler anne ve babası gittikçe birbirlerinden uzaklaşıyorlardı. düzensizlik ve mali sorunlar vahim bir hal almıştı. o dönemler babası bir kübalı olan raquel hevia ile yasak aşk yaşıyordu. bu babasının ne ilk ne de son ilişkisiydi. hatta o karıyı bir keresinde eve getirmişti ve bu durum che'yi ve annesini hiç memnun etmemişti. che bu durumdan çok derin şekilde etkilenmişti. che'nin 1943'te son kardeşi dünyaya gelmişti. ardından 1947 yılında anne ve babası ayrıldı. en küçük kardeşi che hakkında şöyle der; "bir nevi kardeş-oğuldum. ernesto benim hem babam hem abimdi. beni yürüyüşe çıkarır, omuzlarında taşır, benimle oyun oynardı." (cümlenin kaynağı: juan martin guevara de la serna, ernestito, sayfa 97)
aile içi sorumluluklar sebebiyle annesi oğluna istemeden de olsa zorlu görevler yüklemeye başladı. che çalıştığı işlerden elde ettiği tüm paraları annesine veriyordu. annesi şöyle der; "bende babasının yerini almış gibi bir izlenim bıraktı" (cümlenin kaynağı; fernando cordova iturburu röportajı, 22 ağustos 1996, buenos aires)
