Üst beyin sapı; Asetilkolin salgılayan nöronlar (Retiküler Formasyonda bulunur bunlar) sayesinde günlük hayatta beynin birçok kısmının aktivitesini kontrol eder. Bu kontrolü seratonin denilen bir madde ile yapmaktadır. seratonin beyin sapının üst kısımlarından gelen bu uyarıları süzme görevini üstlenmiştir.
fakat uyuduğumuz zaman işler karışır çünkü seratonin aktivitesi azalır. uykunun rem evresinde azalan seratonin etkinliği; beyin sapından yaklaşık 90 dakikada bir amaçsız elektriksel sinyallerin (kaçak impulslar) beyindeki merkezlere gitmesine sebep olur. beyinde görsel hafıza merkezi vardır. günlük hayatta gördüklerimizi resimler halinde kaydeder ve bunları depolar bu kaçak sinyallerden herhangi biri bu merkeze uğradığında rüya görme işlemi başlar. uykunun bu evresinde görsel mantık bölümü kapalı olduğu için gördüklerimizi mantıki yönden sorgulayamayız. bu yüzdendir ki gece uyku esnasında görülen rüyalar o esnada çok mantıklı gibi görünüyorken uyanıp düşündüğümüzde ne kadar da saçmaymış deriz. sinyallerin etkisi ile resim dolu bir havuzdan rastgele alınan resimlerin sıralanması misali rüya görme işlemi sürmektedir. tabi ki o günlerde çok sık düşündüğümüz veya karşılaştığımız öğeler havuzun üst kısımlarında yer alacağından seçilme olasılıkları daha fazladır, ara sıra rüyalarımızda hiç görmediğimiz yerleri kişileri gördüğümüz olur bunun nedeni de iki ayrı resimdeki bazı parçaları bazen birleştirerek algılamamızdır. yani bir zamanlar yolda gördüğümüz kırmızı bir arabanın rengini alıp günlük hayatta gördüğümüz mavi bir şemsiyenin rengiyle değiştirmiş oluyoruz, böylece ortaya aslında daha önce görmediğimiz kırmızı bir şemsiye çıkmaktadır.
LSD kullananlarda ve bazı psikyatrik hastalıklarda yine bu seratonin sistemi etkilendiğinden halüsilasyonlar görülmektedir. lsd o kadar güçlü bir baskılama yaratırki rüya görmemiz için uyumaya gerek yoktur günlül hayatta halüsinasyonlar oluşur.
