Doğal yollarla veya geçiş ile veya rekombinasyon yoluyla yapılamayan genomun değişmesidir. Bu tanımda, gen rekombinasyonun doğal yolu ile elde edilen yeni tür amacındaki polenin bir türden alakalı diğer bir türe transferi sırasındaki işleme geçiş işlemi denmektedir. Fakat, örneğin genler bitkiler içersinde vektörlerin yardımı ile transfer edilirse, bu doğal bir proses değildir ve bu nedenle genetik olarak değişmiştir. Ayrıca hücre ergimesinin prosedürleri de genetik modifikasyon olarak adlandırılır. Bunun aksine, zorlamalı mutasyon içeren bitkiler örneğin kimyasal ajanlar "genetik olarak modifiye edilmiş" olarak adlandırılamazlar.
