karahanlıların uygurlar ile ilişkili olduğu tezi günümüzde ağır bassa da aksi tezler de mevcuttur.
karahanlı devleti'ni kuran sülalenin bizzat göktürk hakanlarını içinden çıkaran sülale olduğu ile ilgili araştırmalar da mevcuttur. bu teze göre uygur devleti yine göktürk devleti'nin ezeli rakibi ve düşmanı iken karahanlılar uygur topraklarında göktürk kökenli yöneticilerce kurulmuş bir devlettir.
''aslında üçüncü göktürk devleti diye de adlandırılabilirler. zira karahanlıları kuran üç boy tarihsel açıdan ispatlı bir biçimde göktürklerin kapı halkıdır. yani göktürk hakanlarını içinden çıkaran, ötüken'de onlarla birlikte çadır kurup toplayan kimseler. zaten o yüzden karahanlılar çağdaş kroniklerde hakaniye sülalesi biçiminde geçer.
öyle aynı kültür dairesinde olmaktan bahsetmiyorum. öylesi de var. uygurlar göktürklerin vassalı ve düşmanıdırlar. karahanlılar'sa doğrudan göktürkleri oluşturan kabilenin soyundan geliyor. yani bilge kağan, islamı din olarak seçen satuk buğra han'ın öz be öz dedesidir..''
