Prusya başlangıçta, Brandenburg Dükalığı olarak Kutsal Roma Cermen imparatorluğunun bir parçasıydı ve başkenti Königsberg (Kaliningrad) idi. ispanya Veraset Savaşı (1701-1713) sırasında ingiltere, Kutsal Roma Cermen imparatorluğu, Hollanda. Portekiz ve Savoya Dükalığı ittifakında savaşa katılmıştır. ittifakın Fransa karşısında zafer kazanmasıyla imzalanan Utrecht Barışı'yla Brandenburg Dükalığına krallık statüsü tanınmıştır. Bu tarihten sonra Prusya Krallığı olarak bilinecektir, başkenti ise Berlin olacaktır.
1806 yılında krallık, Napolyon Bonapart önderliğindeki fransız ordusuna jena savaşında yenilince topraklarının büyük bir kısmını kaybeder ve Fransa ile ittifak kurmak zorunda kalır. Napolyon'un 1812'deki Rusya seferinde başarısız olup büyük güç kaybetmesini fırsat bilen Prusya, Fransa'yla olan ittifakını bozar ve koalisyon güçleriyle birlikte 1813 Leipzig ve 1815 Waterloo savaşlarında Fransızları mağlup ederler. 1815'deki Viyana Kongresi'nde Prusya, sınırlarını batıdaki Saar nehrinden doğudaki Neman nehrine kadar genişletir. Ancak krallık toprakları hâlâ ikiye bölünmüş durumdadır. Çünkü Hannover, Braunschweig, Hamburg ve Bremen gibi bağımsız prenslikler ve şehir devletleri ülkeyi coğrafî olarak ikiye bölmektedir.
1867 yılında Prusya kralı I. Wilhelm, Otto von Bismarck'ı başbakanlığa atadı. Bismarck, Danimarka, Avusturya ve Fransa'ya açtığı savaşlarla Alman bölgelerini bir bayrak altında topladı ve Alman imparatorluğunu kurdu. Prusya kralı I. Wilhelm de artık Almanya'nın Kayzer Wilhelm'i oldu. Bu tarihten sonra Prusya Alman imparatorluğunun en büyük parçası olarak kaldı. 1934 yılında Naziler Prusya tanımını tamamen ortadan kaldırdılar.
II. Dünya Savaşı sonrasında Prusya toprakları Polonya ile Rusya arasında paylaşıldı. Günümüzde Litvanya ile Polonya arasında kalan Rusya'ya ait Kaliningrad şehri eskiden Königsberg adıyla Doğu Prusya'nın başkenti idi.
