Hayata getirilmesinin sebebi Roket Takımı olarak bilinen organizasyonun başı Giovanni'nin tüm dünyayı kontrol edebilmesi için dünyanın en güçlü pokemonuna sahip olmasının gerekmesidir. Hayata getirildikten bir süre sonra hiper telekinetik güçleriyle kendini yaratanları yok eder, çünkü onu sadece bir deney olarak görmüşlerdir. Daha sonra Giovanni, ona ortaklık teklif eder. Mewtwo ortaklık teklifini kabul eder. Ancak kısa sürede gerçek ortaya çıkar: Mewtwo, Giovanni'nin direktifleriyle yaratılmıştır ve Giovanni onu bir köle olarak görmektedir. Mewtwo, Giovanni'nin tesisini yok edip kaçar ve yaratıldığı laboratuvarın bulunduğu adada kendine bir kale inşa eder. Adasına kendi seçtiği pokemon eğitmenlerini davet eder. Pokémon eğitmenleri adaya gitmek için gemiye binecekleri sırada, bir fırtına patlak verir, ancak bu da Mewtwo'nun hiper telekinetik güçlerinden çıkmıştır. Sonuç olarak adaya ulaşan bir grup eğitmenle karşılaşır.
