1542'de Papa III. Paulus tarafından protestanlıkla mücadele etmek amacı ile kurulan mahkeme sistemidir. Dinde reform isteyenlerin sayısı ve tepkisi büyüdükçe, engizisyonun karşı koyma şiddeti de artmaya başladı. Kilise okullarda okutulan kitaplar üzerinde sansür uygulamalarına başladı. 1543 yılında kilisenin onayı olmadan hiçbir kitabın basılamayacağına karar verdi. Yasaklanan kitapların sayısı artmaya başladı ve yasaklanan kitaplar imha edildi. Bunun yanında birçok bilimadamını idam etti.
