japonya'daki bilinen ilk loca, ingiliz 20. alayı'nın 1864'te yokohoma'ya gelmesi ile alaya bağlı irlandalı mason askerlerin kurduğu, irlanda büyük locası'na bağlı, 263 numaralı sfenks locası olur. aralarında sivil üyelerde bulunan locanın mevcudu yaklaşık 20 kişidir.
ancak loca askeri olduğu için uzun süre faaliyet gösteremez. ardından yokohama'da yaşayan diğer masonlar ingiltere birleşik büyük locası'ndan aldıkları izinle 1866 senesinde resmi anlamda ilk loca olan 1092 numaralı yokohama locası'nı kurarlar.
yokohama locası'nı hem ingiltere hem de iskoçya büyük localarına bağlı başkaca localar izler. bu arada yurt dışında yaşayan bazı japonlar da masonluğa katılır. bunlar arasında filozof nishi amane (1829-1897) ile devlet adamı ve hukukçu tsuda mamichi (1829-1903) de vardır.
her ikisi de siyaset bilimi, anayasa hukuku ve ekonomi alanlarında eğitim almak üzere hollanda'ya gönderilir. leyden üniversitesi'nde mason profesör simon vissering gözetiminde eğitim görürlerken masonlukla tanışırlar. nishi, ekim 1864'te, tsuda ise kasım 1864'te leyden'deki 7 numaralı la vertu locası inisiye edilir.
yine japon diplomat, siyasetçi ve 1891-1895 dönemi dışişleri bakan yardımcılığı görevlerinde bulunan hayaşi tadasu (1850-1913) ise 24 şubat 1903'te londra'daki 2108 numaralı empire locası'nda tekris edilir. parlak bir diplomat ve devlet adamı, vatansever olarak anılan hayashi, kariyerinde çin-japon savaşı'nı sona erdiren şimonoseki antlaşması'nın sonuçlandırılmasında rol alır.
üçü de anavatana dönüşte masonluğa devam etmez. zira japonya'da masonlar için durum, 1910'lu yıllardan 1930'ların sonlarına doğru, özellikle 1937'de çin ile savaşın patlak vermesinden sonra, hükümet yetkililerinin kardeşliğe baskı yapmaya başlamasıyla kötüleşmeye başlar. hemen 1940'ların başında mason karşıtı hareketler yoğunlaşır ve çoğu loca faaliyetlerini durdurmak zorunda kalır.
ikinci dünya savaşının sona ermesiyle ülkede masonluk faaliyetleri yeniden başlar. ingiliz ve iskoç localarının yanı sıra filipinler büyük locası da japonya'da localar kurar. ülkedeki müttefik işgal kuvvetleri başkomutanı ve mason olan general macarthur'un masonik faaliyetleri desteklemesiyle birlikte japon vatandaşlarına da mosunluğa üye olma yolu açılır. beş meclis (bkz: japonya ulusal dieti) üyesi de dahil olmak üzere yedi japon, 1950 yılında ilk defa japon topraklarında tekris edilir. mart 1956'da ülkede faaliyet gösteren 15 filipin locası birleşerek, japonya büyük locası'nın temellerini atar. büyük loca 1957'de kurulur, ardından 2 sene sonra japonya'nın ilk japon büyük üstadı, 1959-1960 yılları arasında görev yapan sadaichi horiuchi olur.
günümüzde ise japonya büyük locası 19 loca ile faaliyetlerini sürdürmektedir. yaklaşık 2.300 üyesinden %20-25'i japon, geri kalanlarından çoğunun birleşik devletler vatandaşı olduğu belirtilmektedir.
bazı kaynaklarda; diğer pek çok ülkede olduğu gibi japonya'da da tokyo scottish rite bodies, tokyo york rite, torii oasis shrine clubs of japan adlarında farklı ritlerde çalışan localar ile masonlukla ilişkili kadınlara yönelik eastern star cemiyetinin de mevcut olduğundan bahsedilmekte hatta - biz teyit edemesek de - kore'nin işgali sırasında japon imparatorluk kara kuvvetleri'nde korgeneral rütbesi ile görev yapmış zamanın kore veliaht prensi yi un eşi kore veliaht prensesi prensesi yi bangja, japon prenses makaso'nun 1953'te doğu yıldızı'na kabul edildiği de söylenmektedir.
bugün için japonya büyük locası, evrenin ulu mimarı kavramını kabul eden ingiltere birleşik büyük locası ile diğer birçok büyük loca tarafından tanınmaktadır. ayrıca masonluğun ikinci ana akımı yani yüce bir varlığa inanç kavramını kabul etmeyen grand orient de france'a bağlı grande loge de france tarafından tanınan, inanç gözetmeksizin, kadınlar ve erkeklerin birlikte üye olabileceği le droit humain himayesinde fransızca çalışan soleil levant isimli bir loca da mevcuttur. ayrıca, japonya büyük locası'nın 1998'de kardeşlik ilişkileri kurduğu washington prince hall büyük locası'na bağlı birkaç loca daha bulunmaktadır.
1981 yılında hizmete açılan ve dünyanın en modern mason tapınaklarından biri olarak kabul edilen tokyo masonic center, büyük loca'ya bağlı hayır kuruluşlarına da ev sahipliği yapmaktadır. yardım faaliyetleri ve masonik çalışmalar japon medeni kanunu ile dernekler kanunu uyarınca kurulmuş, tüzel kişiliğe sahip tokyo masonik derneği (tokyo masonic association veya zaidan hojin) tarafından yürütülür.
masonik müelliflere göre; japonya'da mukim bushido felsefesi yani samurayların uyması gereken tutum, davranış ve yaşam tarzı kuralları ile masonlukta da bulunan şövalyelik ilkeleri beraberce değerlendirildiğinde ülkede masonluğun kabul görmüş olması çok da şaşırtıcı değildir. zira bushido kültüründe, her insanın hem iç hem de dış mücadelelerinde kullanabileceği basit ve sarsılmaz bir ahlaki felsefe görülür.samuraylar da tıpkı masonik felsefede olduğu gibi doğruluk, iyilikseverlik, dürüstlük silahları ve cesaret, onur ve görev zırhıyla her türlü zorluğun üstesinden gelebilme ve her türlü düşman alt edilebilme öğretisine haizdir.
