Kütahya, Saray Mahallesi, Hükümet Konağı yanında bulunan bu cami, halk arasında Saray Camisi olarak da tanınmaktadır. Kitabesinden öğrenildiğine göre II.Yakup Beyin Subaşısı Hisar Beyi oğlu Mustafa Bey tarafından 1487-1488 yılında yaptırılmıştır. Cami Anadolu valisi Yahya Paşa tarafından 1749-1750 yılında onarılmıştır. Bunu belirten çini kitabe mahfilin doğu kanadına yerleştirilmiştir.
Bu onarımdan sonra yakın tarihlerde yapılan onarımlarla cami adeta yenilenircesine onarılmış, son cemaat yeri yeniden yapılmıştır.
Cami düzgün kesme taş ve tuğla hatıllı olarak yapılmıştır. Taşlar iki yandan ikişer dikey tuğla ile kesilmiştir. Çatı hizasında iki kirpi saçak yapıyı çepeçevre dolanmaktadır. Cami kare planlı olup, mihrap yönünde kareye yakın büyük bir bölüm dışarı çıkıntılıdır. Bu bölüm ibadet mekânından tek bir basamakla ayrılmıştır. Caminin 1957 yılında yapılan onarım öncesinde son cemaat yerinin kemer ve kubbeleri tamamen yıkılmıştır. Eski fotoğraflarına göre son cemaat yerinin üç bölümlü ve kubbeli olduğu görülmektedir. Bugün son cemaat yeri yine üç bölümlü ve üç kubbeli olarak yapılmıştır. Bu kez ağaç gergiler yerine demir gergiler kullanılmıştır. Yuvarlak sütunların başlıkları da baklavalı olarak yapılmıştır. Onarım sırasında giriş kapısı da değişmiştir. Son cemaat yeri camekanlarla çevrilmiş, kitabelik yerine de XVIII.yüzyıl çinileri yerleştirilmiştir.
ibadet mekânının ilk bölümü kare planlı olup üzeri tromplu bir kubbe ile örtülmüştür. Mihrap çıkıntısı yan duvarların 2.50 m. içerisinden başlamaktadır. Bu bölüm geniş ve sivri bir kemerle kare bölüme bağlanmıştır. Üzeri kubbe tonozu ile örtülmüştür. Mermer mihrap sütunçeli, üç kenarlı ve mukarnas dolguludur. Orijinal olan mihrap üç yönden bordür çinileri ile çerçevelenmiştir. Orijinal taş minber çini ile kaplanmıştır. Bu çinilerin bir kısmı XV. yüzyıla tarihlendirilmiştir. Mihrabın köşk kaidesinin dış korkulukları XVIII.yüzyılda Yahya Paşa tarafından buraya konulmuştur.
Kubbe kalem işleri ile bezenmiştir. Burada çifte kollu bir yıldızdan çıkan çifte vavlar dikkat çekicidir.