13 Kasım 1918, müttefiklerin istanbul' a giriş günlerine rastlıyordu. Mustafa Kemal, itilaf donanmasına bağlı gemilerin istanbul' a girmesi üzerine yanındakilere: "Geldikleri gibi giderler" diyerek ülkenin birgün bağımsızlığa kavuşacağına olan inancını belirtti. Gerçi şehir resmen işgal edilmiyordu, siyasal ve idari kontrol Türkler elindeydi, ama bu tamamen nazari bir durumdu, gerçekte istanbul işgal edilmiş demekti. Enver, Cemal, Talat Paşa' lar memleketten kaçmış, hükümet ve meclis üyeleri birbirine düşmüştü. Sultan, şeyhülislamın, Cavit ve Fethi Beyler' in hükümetten çekilmesini istiyordu. Sadrazam izzet Paşa bu isteği kabul etmedi ve hükümeti ile birlikte istifa etti. Yeni hükümeti kurma önerisi Tevfik Paşa' ya yapıldı. Mustafa Kemal ve Rauf Bey, Tevfik Paşa' nın sadrazam olmaması, hükümeti yine izzet Paşa' nın kurması için yoğun bir çalışma yaptılar, fakat başaramadılar. Mustafa Kemal istanbul' da kaldığı bu altı aylık dönem içinde vatanın kurtuluşuna en küçük yardımı dokunabilecek olan herkesle ilişki kurdu, görüştü. Düşüncelerini daha kolay yayabilmek daha etkili olabilmek için Fethi Bey' in (Okyar) çıkardığı Minber gazetesine ortak oldu. Savaştan yeni çıkan komutan ve subayların morallerini yükseltmek için Sofya' da askeri ateşe iken yazdığı Zabit ve Kumandanla Hasbihal adlı eserini yayımladı. Onun bu çok yönlü çalışmaları işgal kuvvetleri yetkililerini ve hükümeti kuşkulandırmaya başlamıştı. Onu herhangi bir nedenle tevkif de edemiyorlardı. Çünkü kazandığı zaferlerle ordu ve halk arasında sevgi ve takdir elde etmişti. Onu tevkif etmenin halk çoğunluğu üzerinde kötü etkileri olacaktı. Şu halde Mustafa Kemal' i istanbul' dan uygun bir görevle uzaklaştırmak gerekiyordu. Bunun için de yeterli bir neden vardı. ingiliz raporlarına göre, Samsun ve dolaylarında Türkler, rum ahaliye baskı yapıyorlardı. ingiliz işgal makamları Osmanlı hükümetine, bu durumun önüne geçilmezse kendilerinin işe el koyacağını bildirmişti.
izmir' in işgali
Hükümet bir önlem olarak Mustafa Kemal Paşa' yı 9.Ordu müfettişliğine atadı. Ordu merkezi Erzurum' daydı. Mustafa Kemal Paşa durumu yerinde inceleyecekti. Mustafa Kemal Paşa öneriyi sevinçle kabul etti. Çünkü istanbul' a geldiği günden beri resmi bir görevle Anadolu' ya geçmenin olanaklarını arıyordu. 9.Ordu müfettişliğine Sivas' ta bulunan 15.Kolordu (Kazım Karabekir) bağlıydı. Üstelik Mustafa Kemal, genelkurmay ikinci başkanı Kazım Paşa' nın (inanç) yardımıyla, hükümetten çok geniş yetkiler alarak gidiyordu.
Bu yetkiye göre Mustafa Kemal müfettişlik sınırları dışındaki bütün komutanlarla ve sivil makamlarla doğrudan doğruya yazışma yapabilecek ve gereken emirleri verebilecekti. Mustafa Kemal Paşa yol hazırlıklarını büyük bir gizlilik içinde yaptı. Hükümetin veya müttefiklerin O' na verilen yetkilerden pişman olup her an geri çağırabileceklerinden korkuyordu. Kendisi ve kalabalık maiyeti için ingilizlerin vereceği vizeyi heyecanla beklemeye başladı. Bu bekleyiş sırasında 15 Mayıs günü Yunan birlikleri 20.000 kişilik bir kuvvetle izmir' de karaya çıktı. istanbul halkı da bütün memleket gibi izmir işgalinden şaşkına dönmüştü. Tarihi Sultanahmet mitingi bu şaşkınlığa eklenen nefret ve isyanın bir sonucuydu. Böylece Türk Kurtuluş Savaşı 15 Mayıs 1919' da Yunanlıların izmir' i işgali sırasında düşmana ilk kurşunun sıkılmasıyla fiilen başlamış oldu.
