Darwin bir bilim insanı olarak bilimsel şüphecilik çerçevesinde agnostik olmuş olabilir. Bilim bir tanrının varlığı veya yokluğu hakkında kesin bir fikir belirtemez. Çünkü bilimin işi fikir belirtmek değil var olan şeylerin nasıl işlediğini inceleyerek açıklama yapmaktır. Dolayısıyla ortada olmayan bir şeyi inceleyemez ve inceleyemediği şey hakkında da açıklama yapamaz. Agnostisizmin çıkmazı budur. Bir gün tanrının üzerinde deney yapabilirlerse onun hakkında bilim bir açıklama yapabilir. Bir yerlerde bizden gizlenen veya apaçık durumda olup da bizim keşfedemediğimiz bir tanrı olabilir. Ama buradan şu zannedilmesin; tevratta incilde ya da Kuran'da geçen tanrıların gerçek olmadığı kesin. Agnostisizmde bir tanrının var olma olasılığı kutsal kitaplardaki fake tanrılar haricinde bir yerlerde gerçek bir tanrı olma olasılığını göz ardı etmemektir.
