Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığı'nın yürüttüğü metro çalışmaları sonrası metro hatlarını iBB'ye teslim etmeyeceği ve kendisinin işleteceği bir şirket kurma hazırlığında olduğu iddia edildi. Ayrıca iddialar arasında bakanlığın Metro istanbul A.Ş.’den çok sayıda personeli yüksek maaşlarla transfer ettiği de yer alıyor.