Roma tarihini çok iyi bilen Fatih Sultan Mehmet'ın Azize irene'nin hikâyesini bilmemesi düşünülemez. Bu şuur ile Fatih, Azize irene'nin hatırasına ve dinine olan sadakatine hürmetin bir ifadesi olarak, Aya irini Kilisesi'ni camiye çevirtmemiş; burayı Osmanlı Devleti'nin kıymetli savaş ganimetlerinin korunduğu, padişahın bir nevi özel müzesi gibi muhafaza etmiş, içerisindeki hiçbir resim ve kabartmaya dokunmamıştır. Fatih'ten sonraki padişahlarca da aynı hürmeti gören Aya irini Kilisesi, Osmanlı'nın son yüzyılına kadar bu durumunu korumuş, 1869 yılında da Müze-i Hümâyûn (Sultanın Müzesi) adını almıştır.
