cumhuriyet rejimi ile olan kavgası inönü döneminde de devam etmiştir.
1944'te hükümeti "komünistleri korumak"la suçlamıştır. bunun üzerine başlayan olaylarda inönü kendisini ağır şekilde suçlayan bir konuşma yapmış, bunun üzerine tutuklanmış. ağır işkencelerden geçirilmiş, tabutluk denilen hücrelerde büyük baskılar görmüş, 1.5 sene tutuklu kalmıştır.
