Oktar askere sevk edilmek istenmiş, 1993 yılında Eskişehir Hava Hastanesi'nden aldığı "askerliğe elverişli değildir" raporuyla askerlikten muaf tutulmuştur. Oktar, paranoid şizofreni hastası olduğuna dair 7 farklı hastaneden rapor almıştır. Adnan Oktar Vekili Av. Kerim Kalkan ise Gülhane Askeri Tıp Akademisi'nin raporunu dayanak göstererek, Adnan Oktar'ın ruh sağlığına ilişkin iddiaların gerçek dışı olduğunu iddia etmiştir.
Adnan Oktar 18 Ağustos 2000 yılında bedelli askerlikten yararlanarak, öngörülen bedeli ödemiş ve askerlikten terhis edilmiştir.
***
Adnan Oktar hakkında, istanbul Emniyet Müdürlüğü tarafından kokain kullandığı iddiasıyla 10 Temmuz 1991 tarihinde dava açılmıştır. Açılan davada "delillerin şüpheli olduğu" ve "şüphelerin sanık lehine yorumlanması gerektiği" ilkesi uyarınca Yargıtay yolu açık olmakla birlikte 22 Şubat 1994 tarihinde beraatine karar verilmiştir.
