--spoiler--
3 Ocak 1889'da polis tarafından kargaşa çıkarmaktan tutuklandı. Gerçekte orada tam olarak ne olduğu bilinmiyor fakat söylentiler, Nietzsche'nin kırbaçlanmakta olan bir ata sarıldığı ve ağlayarak onu korumaya çalıştığı, sonra yere yığıldığı üzerinedir. Aynı olay Dostoyevski'nin romanı Suç ve Ceza'nın I/5 bölümünde, Raskolnikov'un da başına gelmiştir.[14]
Bu olaydan sonra Nietzsche, "Mutsuz Mektuplar" olarak bilinen mektuplarını kaleme aldı. Alman imparatorundan Papalık'a kadar pek çok yere mektup yazdı.[15]
3 Ocak'ta Buckhard, Nietzsche'nin mektuplarından durumunu anladı ve onu Basel'de bir kliniğe yatırdı. Daha sonra annesi onu "Jena"'daki bir kliniğe nakil ettirdi. Fakat doktorlar, Nietzsche'nin durumunun umutsuz olduğunu bildiriyordı. Annesi, mart ayında Nietzsche'yi eve getirtti.
Bu süreçte, Nietzsche'nin eserleri üzerindeki tahrif süreci başladı. Önce arkadaşları, sonra Paraguay'dan kocasının intiharı üzerine geri dönen kızkardeşi tarafından eserleri değiştirildi.
Nietzsche 1889'un başlarında sokakta yürürken birden yere düştü. Uzmanlara göre bunun sebebi sifilistir.[kaynak belirtilmeli] Nietzsche'nin semptomları beyin kaynaklı. Felsefcilere göre bu hastalık Nietzsche'nin bazı eserlerindeki fikri tutarsızlığın da sebebi.[16][17]
Nietzsche, bir süre sonra zihinsel yetilerini tümüyle kaybetti. On bir yıl boyunca bitkisel denebilecek bir hayat sürdü. 25 Ağustos 1900 tarihinde hayata gözlerini yumdu.[18]. Kızkardeşi, onu Lützenve yakınlarındaki Röcken'deki kilise mezarlığında babasının yanına gömdürdü. Arkadaşı Gast, cenaze merasiminde bir konuşma yaptı ve onu şu sözlerle uğurladı:"ismin kutsal olsun, tüm kuşaklar için..."[19]
--spoiler--
