1990-1992 yılları arasında 42.Piyade Alay Komutanlığı, 1993-1995 yıllarında Hakkari Dağ ve Komando Tugayı ve Hakkari Güvenlik Komutanlığı yapmıştir. Hakkari'deki görevi sırasında PKK'ya karşı yapılan en büyük harekât olan Çelik-1 Operasyonu'nu yönetmiştir. Çelik-1 harekatı 19 Mart 1995 günü başlamış ve toplam 37 gün sürmüştür. Operasyona 6 Tugay'dan 35 bin asker ve 10 bin korucu katılmıştır.
Güneydoğu görevinden sonra KKTC Paşaköy'de 28.nci Tümen Komutanlığı'nı üstlendi. 2000- 2001'de Piyade Okul Komutanlığı görevinden sonra 4 Ağustos 2002 tarihinde emekli olmuştur. Pamukoğlu Türk Ordusunda 5 tane Üstün Birlik Yetiştirme Nişanı'na sahip tek kişidir.
