Ergenekon Davasında 2009 yılında , savunmasını yapan Perinçek, Baykal ve Erdal inönü' yü PKK ile işbirliği yapmakla suçlamıştı.
....... '' işçi Partisi' nin Genel Başkanı oldum. Paris'ten Murat Karayılan aradı.(Bölücü terör örgütü elebaşlarından) Bana, "Efendim, Apo' nun (Abdullah Öcalan) talimatıyla arıyorum. CHP ile anlaştık. Bize 22 milletvekili veriyor CHP. Biz 22 milletvekilinin 4'ünün sizden olmasını istiyoruz" dedi. Biz bunu reddettik. Bunun üzerine Karayılan, hemen cevap vermememizi, partimizin yetkili organlarından konuşmamızı istedi. Ben organlara gerek olmadığını kabul etmediğimi söyledim. '' ...........
'' Sayın Erdal inönü ve Deniz Baykal, PKK ile seçim işbirliği yaptılar. Devletçi bir anlayış ile yaptılar. Doğru yanları olabilir. Elbette Deniz Baykal ve Erdal inönü Türkiye'nin bölünmesini istemezler. Ancak inönü ve Baykal 22 milletvekilini TBMM'ye soktu. Herkes biliyor o 22 milletvekilinin Abdullah Öcalan'ın tespit ettiğini. Herkes biliyor HEP ve HADEP'in PKK'nın uzantısı olduğunu '' .............
