manisa lisesi 2.abdülhamit zamanında, 1 eylül 1887 de manisa idadisi adıyla açılmıştır. okulun açıldığı yıllarda manisa, merkezi izmir olan aydın eyaletinin bir sancağı idi. o yıllarda manisada iki ilkokul (ibtidai) ile bir ortaokul (rüşdiye) bulunmaktaydı. buralardan mezun olan öğrenciler için bir liseye (idadi), ihtiyaç vardı. bunu ilk defa 1884 yılında manisaya mutasarrıf (vali) olarak atanan sururi paşa görmüş, 1886 yılında temeli atılmış (bugünkü şehitler ilköğretim okulunun olduğu yerde), inşasına 9000 altın sarf edilmiş, 1887 yılında açılmıştır. okulun açıldığı yılda 125 öğrencisinin bulunduğu söylenmektedir. 1916 yılında okul manisa sultanisi adını almıştır. işgal günlerinde hastaneye çevrilmek amacıyla el konulmuş, muradiye camii cıvarındaki darül eytam binasına nakledilmiştir. manisa yangınından sonra kendi binasında derslere devam etmiştir. 1945 yılında sultani ismi lise ye çevrilmiştir. manisa lisesinin bugün öğretime devam ettiği a blok ve pansiyon binaları 1969-1970, c blok ise 1972-1973 öğretim yılında açılmıştır. 1992-1993 öğretim yılında da spor salonu hizmete girmiştir. 1993-1994 öğretim yılında yabancı dil ağırlıklı lise (süper lise) okulda öğretime başlamıştır. 2007-2008 eğitim öğretim yılında son mezunlarını vererek kapanmıştır. 2004 2005 öğretim yılında megep (mesleki eğitim ve öğretimi güçlendirme programı) kapsamında iki şube açılmıştır. okul, 2008-2009 eğitim öğretim yılında yapılan düzenleme ile merkez 2.eğitim bölgesi olarak görevlendirilmiş olup sorumluluğunda 4 ortaöğretim okulu ve 10 ilköğretim okulu olmak üzere toplam 14 okul bulunmaktadır.
manisa lisesi 2010 -2011 eğitim öğretim yılından itibaren anadolu lisesi statüsünde eğitim veren tarihi liseler zincirine katılmıştır.
