Mehmed Çelebi Anadolu ve Rumeli'de ki birliği sağladıktan sonra iki önemli isyanla uğraşmak zorunda kaldı. Bunlardan birisi Şeyh Bedrettin isyanıdır. Edirne civarındaki Simavna'da doğan Şeyh Bedrettin Bursa, Konya, Kahire gibi devrin en büyük ilim ve kültür merkezlerinde eğitim gördü. Şeyh Bedrettin; Torlak Kemal ve Börklüce Mustafa gibi yakın arkadaşlarıyla birlikte iznik'te kurdukları, islam dinine aykırı fikirlere sahip bir tarikatla, Anadolu ve Rumeli'de fikirlerini yaymaya başladılar. Bir süre sonra Eflak üzerinden Deliosman'a gelen Şeyh Bedrettin ve yandaşları ayaklandılar. Börklüce Mustafa izmir'de, Torlak Kemal de Manisa'da ayaklanmaya katıldılar. Mehmed Çelebi, izmir ve Manisa üzerine kuvvet göndererek ayaklanmayı bastırdı. Yakalanan Şeyh Bedrettin, Serez Kadısı tarafından yargılanarak idam edildi (1420).
Şeyh Bedreddin isyanı, hem ortaklaşacılığın ete kemiğe bürünmüş hali, hem de 16. yy.da Osmanlı Devletine karşı örgütlenmiş bir devrim girişimiydi.Şeyh Bedreddin ile onun ortakçıları Börklüce Mustafa ve Torlak Kemalin çalışmaları ile büyüyen isyan, ağır vergiler altında ezilen, yok sayılan, savaşlarla, sürgünlerle talan edilenköylülerde, ahi birliklerinde, Müslümanlarda ve Gayri Müslimlerde; kısacası toplumun ezilen tüm kesimlerinde karşılık bulmuştu.
isyan, özellikle Ege bölgesinde, izmir ve Manisa çevresinde, köylülerin, devlete haraç olarak verdiği ürünleri vermeyip, toprağı ortak işleyip, topraktan geleni ortakça tüketmeleriyle; daha doğrusu öşürcüleri başlarından kovup, devleti ve özel mülkiyeti hayatlarından çıkartarak, hayatlarını paylaşma ve dayanışma ekseninde kurmak istemeleriyle iyice büyüdü.
Köylüler artık devlete haraç vermiyor, toprakların beraber işleyip beraber tüketiyor, her şeye beraber karar veriyor, yemekler köy meydanlarında büyük kazanlarda pişirilip beraber yeniliyordu. Devlet, tabi ki buna daha fazla müsaade edemezdi. Osmanlı, bu komünlere defalarca saldırdı ama her seferinde geri püskürtüldü. Binlerce insan Karaburuna çekilerek hem ortakçılıklarına devam ettiler, hem de Osmanlı ile savaşmaya
Fakat bu isyan da çok sert bastırıldı. Şeyh Bedreddinin ortakçıları, katledilerek bugün ölüm kuyuları diye bilinen yerlere atıldılar.isyanın sona erdiği haberini alan Bedreddin, sürgünde olduğu iznikten kalkıp Sereze geldi, fakat onun ölüm fermanını hiçbir ulema imzalayamadı. Kendi ölüm fermanını yazdı ve boğazına ilmiği kendi geçirip, idam sehpasını tekmeledi.
Torlak Kemal ve Börklüce Mustafa'nın Osmanlı'nın silahlı kuvvetlerinin karşısına Osmanlı paşalarının deyimiyle "baldırı çıplak" halkı çıkaramayacağı için gerilla taktiği kullandığı ve Sitilaryos dağının dar geçidinde Osmanlı askerlerini ok yağmuruna tutup bozguna uğrattığı isyandır.
Mehmet Çelebi döneminde Anadolu'da meydana gelen olaylardan biri de Şeyh Bedrettin isyanı'dır. Şeyh Bedrettin, Fetret Devrinin getirdiği karışıklıklardan faydalanarak kendi düşüncelerini yaymaya başladı. Şeyh Bedrettin'in düşünceleri Osmanlı Devleti'ndeki islam anlayışına tersti. Müritlerinin izmir ve Manisa'da çıkardığı ayaklanmalar bastırıldı. Daha sonra Rumeli'ye geçerek başlattığı ayaklanma da bastırıldı. Şeyh Bedrettin yakalandı ve yargılandıktan sonra idam edildi(1420).
