Şeyhülislâm Mehmed Şerif Efendi’nin oğlu olarak istanbul’da dünyaya geldi. Babasından ve devrin diğer tanınmış alimlerinden aldığı eğitimin ardından genç yaşta müderris oldu. 1782’de Galata ardından Mekke, istanbul kadılıklarında bulundu. Rumeli kazaskerliğinin ardından muhafazakâr, dürüst ve iyi bir eğitim aldığı için III. Selim tarafından 14 Kasım 1806’da şeyhülislâmlığa tayin edildi. III. Selim’in tahttan indirilip ve IV. Mustafa'nın tahta çıkarılması sırasında çıkan olaylar neticesinde bazı davranışlarından dolayı eleştirildi. Sonunda 13 Temmuz 1807’de azledildi. Ancak bir gün sonra makamına tekrar tayin edildi. Alemdar Mustafa Paşa istanbul'da kontrolü sağladıktan sonra Ataullah Mehmed Efendi'yi 21 Temmuz 1808’de azledildi ve on gün sonra önce Kazanlık'a ardından da Aydın Güzelhisar’a sürüldü. 14 Ekim 1811’de Aydın'da öldü. Ebu ishakzade ve aksaklığı sebebiyle Topal lakaplarıyla da tanınır.
