II.Bayezid tahta fatihin politikalarından yorulan vezirler sayesinde çıkmıştır.Tarihçilere göre fatihin veliahtı Şehzade Cem'dir.Şehzadelik yıllarında afyon içer imiş lakin babasının gönderdiği aracılar sayesinde tövbe etmiş ve çok dindar olmuştur (bkz: sofu).Siyasette fazla pasif kalmış,iran şahı ismailin yaptıklarına göz yummuştur. Gel gör ki oğlu Şehzade selim buna dayanamamış ve iran şahını mağlup etmiştir bu gibi gelişmelerden sonra Selim yeniçeriler arasında büyük bir nüfuza sahip olmuştur.Bu gibi gelişmelerden sonra II.Bayezid tahttan hal edilmiştir.I.Bayezide zerre benzemez.
Kardeşi cem Sultan’ın isyanlarıyla uğraşmış ise de cem Sultan’ın Fransa’da ölümü üzerine tüm ülkede 3 gün yas ilan ettirmiş, kardeşinin ruhu için binlerce akçe sadaka dağıtmıştır.
1509 istanbul depreminde (7,2) şehirde 1070 ev yıkılmış, deprem sonrası 10 metreye varan dalgalar sur içinde pek çok evin de yıkılmasına sebep olmuştur. Sivil binaların hasarından başka surlar başta olmak üzere, su yolları, köprüler, mahzen ve zındanlar ile Gelibolu istihkamları da ağır hasar almış, istanbul depreminden 45 gün sonra Edirne’de meydana gelen artçı bir deprem de Meriç havalisinde büyük yıkıma neden olmuştur.
Depremden sonra Anadolu ve Rumeli’den getirilen amelelerle istanbul’daki yeniçeri bölükleriyle toplam 70.000 insan gücüyle şehrin imarı için kolları sıvayan ıı. Bayezid 65 gün gibi kısa sayılabilecek bir süre içinde istanbul ve Edirne’yi tabiri caizse yeniden inşa etmiştir.
