1584 yılında yemen beylerbeyi'nin emriyle doğu afrika kıyılarını vuran türk denizcileri, buradaki portekiz varlığına ve ticaretine ağır zaiyatlar verdirmişti.
bu seferde alınan neticelerden sonra 1589 yılında ikinci bir doğu afrika seferinde karar kılındı.
ilk seferdeki başarılarından ötürü sefere katılan kuvvetlere yine ali bey kumanda etmekteydi.
4 büyük kadırga ve diğer savaş ve taşıt gemileri ile osmanlı askerleri yeniden kenya'ya geldiler. doğu afrika halkının çoğu türkleri iyi karşılıyor, onları portekiz baskısından kurtardıklarından ötürü sevgi besliyorlardı. ancak istanbul hükümeti, bu uzak ve kısır topraklara bir küçük ilgi dahi göstermiyordu.
portekizlilerle hint okyanusunda birçok defa vuruşan ali bey, mombasa'ya geldiğinde, türk amiralin başarılarından ürken portekiz kral naibi, ispanya kralından aldığı emir üzerine kardeşi don thome de souza'yı bir filo ile ali bey'in üzerine gönderdi. portekiz donanması mombasa'ya girdi, baskına uğrayan türk filosu yakıldı. mombasa türklerden alındı. ali bey esir edilerek lizbon'a götürüldü.
sağ kalan ve esir düşmeyen bazı türk levendleri güneybatıya doğru, tanganika içlerine çekildiler. lakin bu bölgeye hakim olan yamyam zimbasalar'ın eline düştüler. zimbasalar'ın eline düşen türk levendlerinin sonu ise pek acı oldu.