osmanlı döneminde şeriye ve evkaf vekaleti olan adı cumhuriyet döneminde vakıflar genel müdürlüğü olarak değiştirilmiştir. esasında osmanlının kurduğu bu kurum cumhuriyet döneminde devam ettirilmiştir. yeniden kurulmamıştır.
Sayıştay’ın TBMM’ye sunduğu Vakıflar Genel Müdürlüğü’nün 2019 yılı denetim raporunda çok sayıda usulsüzlük tespit edildi. Raporda, istanbul 1. Bölge Müdürlüğü sorumluluğundaki 10 vakfa ait taşınmazlara inşa ve fiziki müdahalede bulunularak yeni yapı inşa edildiği ve müdürlük ile yapılan sözleşmelerde belirtilen amaçlar dışında kullanımlar oluştuğu belirtildi.