Daha sonra Rüstem Paşanın ölümünü görmüş ona da bir Mersiye yazmış. Mersiyeler bir üzüntü ve keder şiiridir. Bunun en güzel örneği de Kanuni’nin ölümü üzerine Baki’nin yazdığı mersiyedir. Yahya, Rüstem paşa için yazdığı mersiyede üzülmekten çok sanki sevinmiş gibidir:
N’ola ol gitdi ise bâkî kalan sag olsun
Yirde yatdukça babam oglı fülân sag olsun
Çok yaşasun bunı yazan okıyan sag olsun
Gülmez idi yüzi mahşerde dahi gülmeyesi
Çog iş itdi bize ol saglık ile olmayası
Rüstem için, öldüyse ne olmuş ki, geride kalanlar sağ olsun, bu dünyada yüzü gülmez idi, mahşerde de gülmesin diyerek, beddua etmektedir.
kanuni sultan süleyman ın, öz oğlu mustafa yı, hürrem sultan ın oyunları sonucu öldürtmesi sonucu bu ağıtı yazmıştır. kanuni ye ayar veren cesur şairimizdir.
meded meded yıkıldı bu cihanın bir yanı,
ecel celalileri aldı mustafa hanı.
tolundu mihr-i cemali bozuldu divanı,
vebale koydular al ile al-i osmanı.
geçerler idi geçende o merd-i meydanı,
felek o canibe döndürdü şah-ı devranı.
divan edebiyatında mesnevi çığırının en önemli şairlerindendir. mesnevilerinde iran etkisinde kalmamıştır. şiirlerinde yerli renklere, özentisizliğe sade dil ve yalın anlatıma rastlanması, onun divan şiirinin yerlileşmesine katkısı olduğunu gösterir.
divan edebiyatının mesnevi alanında en özgün şairi sayılmaktadır. eserlerinde iran örneklerinden yola çıkmaması, yerli renklere sık sık yer vermesi, yalın ve duru bir dil kullanması, divan şiirinin yerlileşmesinde etkili olmuştur.