31 Temmuz 1918'de 26 Bakü Komiseri, Hazar Denizi üzerinden Astrakhan'a yelken açarak Bolşevik silahlı birliklerinin tahliyesine teşebbüs etti, ancak gemiler 16 Ağustos'ta Orta Hazar Diktatörlüğünün askeri gemileri tarafından ele geçirildi. Komiserler tutuklandı ve Bakü hapishanesine yerleştirildi. 28 Ağustos'ta Shaumian ve yoldaşları gıyaben Bakü Sovyeti'ne seçildi. 14 Eylül'de Bakü'nün Türk kuvvetlerine düştüğü karışıklığın ortasında Shaumian ve komiserleri ya kaçtılar ya da serbest bırakıldılar.
Olayların en yaygın kabul gören versiyonunda Anastas Mikoyan başkanlığındaki bir grup Bolşevik hapishaneye girdi ve Shaumian'ı serbest bıraktı. O ve diğer komiserler daha sonra Krasnovodsk'a giden bir gemiye bindiler ve varışta komutanları Kuhn liderliğindeki Bolşevik karşıtı unsurlar tarafından derhal tutuklandı. Kuhn, Sosyalist Devrimci Fyodor Funtikov liderliğindeki "Aşkabad Komitesi"
20 Eylül gecesi, Shaumian ve diğerleri, Trans-Hazar demiryolundaki Pereval ve Akhcha-Kuyma istasyonları arasında uzak bir yerde bir idam mangası tarafından idam edildi.
