Selânik Baruthanesi, Selânik Kalesinin en önemli kısmını oluşturuyordu. Baruthanede, baruthane emini, kethûdası ve kâtipleri ile 300 nefer vardı. Selanikte Vardar Kalesi denen bölgede de baruthanenin bir deposu olduğu anlaşılmaktadır. Zira Şubat 1597de kaleye yıldırım düşmesi sonucu kale mahzeninde bulunan 1.300 kantar barut patlamış, kale hayli tahrip olmuş ve yeniden yapılması gerekmiştir. Ancak barut üretiminin yetersizliği üzerine 1110/1698-99 tarihinde istanbulda da bir baruthane inşa edilmiştir.
20 Şubat 1664 tarihli bir yazı ile Selânikte kale dışında barut yapımı için bir müessese kurulması istenmiştir. Bunun üzerine Söğütlü Suyu adındaki akarsu kenarında, Müftü Değirmeni denilen yerde bir baruthane inşa edilmiştir. Baruthane XVIII. yüzyıl ortalarında çıkan bir yangında hasar görmüştür. Ancak kısa sürede onarılarak yeniden faaliyetine devam etmiştir.
Selânik Baruthanesi, daha ziyade Rumeli ve yakın çevresindeki kalelerin ihtiyaçlarını karşılamak için kullanılmıştır. Meselâ, 1688 yılında Dıraç Kalesine 30 kantar, Niş Kalesine 20 kantar top barutu ile 10 kantar tüfek barutu, Eğriboz Kalesine 500 kantar siyah barut gönderilmiştir. Aynı şekilde 1689 yılında üretilen barut da düzenli olarak çeşitli kalelere sevk edilmiştir. 1689 yılı içerisinde Ohri Kalesine 70 kantar top ve 30 kantar tüfek barutu; Ohri Sancağına bağlı olan işim Kalesine 10 kantar top, 5 kantar tüfek barutu ve Eğriboz Kalesine 500 kantar barut gönderilmiştir.
Selânik Baruthanesindeki barut üretim maliyetleri incelediğinde, burada üretilen barutun maliyetinin de düşük olduğu görülmektedir. Meselâ 1183/1769-70 senesinde 1 kantar barutun üretimi için 17 guruş, 1184/1770-71 senesinde ise 11 guruş harcanmıştır. Bu kadar düşük maliyete istenilen kalitede barut üretilememiştir. Sonuçta barutun kalitesinin düşüklüğü gündeme gelmiştir. Barut üretiminde kullanılan maddelerin piyasa fiyatından alınmasına izin verilmesinden sonra 1 kantar barut için 26,5 guruş harcanmıştır. Ancak ürün kalitesinde bir iyileşme meydana gelmemiştir.
Selanik Baruthanesinin güherçilesi genellikle Serez, iştip, Koçana ve Köprülüden elde edilmekteydi. Selanik Baruthanesinin de en büyük problemi güherçile temini esnasında ortaya çıkmaktaydı. Halkın güherçileyi barut yapımında kullanması, yurt dışına güherçile satışı problem oluşturmaktaydı. Bu sorunlara ek olarak güherçile çıkarmakla görevli amelelerden bölgedeki çiftlik sahipleri ve diğer görevlilerin vergi istemeleri, güherçile elde edilmesini daha da güçleştirmekteydi. Meselâ 1195/1781 senesinde yukarıdaki gerekçelerle bölge ayanları ve çiftlik sahipleri tarafından çalışmalar engellenmiştir. Bu kişiler daha da ileri giderek güherçilenin işlenmesi için gerekli olan odunun kesilmesine de izin vermemişlerdir. Bunun üzerine baruthanenin nazırı Osman, durumu merkeze bildirerek güherçile amelesinden vergi ve benzeri isteklerde bulunularak çalışmaların engellenmesinin önüne geçilmesini istemiştir. Merkez bu tür davranışlarda bulunanların cezalandırılacağını belirten bir fermanı bölgeye göndermiştir. Ancak bölgedeki ileri gelenlerin bu tutumlarından vazgeçmedikleri, 1781 senesinin ilerleyen aylarında aynı problemin bir kez daha çıkmasından anlaşılmaktadır. Bu kez güherçile amelesi tutuklanmış ve şiddete maruz kalmıştır. Merkez bu hareketleri de yasaklayan bir fermanı bölgeye göndermiş, fakat etkili olamamıştır.
Selanik Baruthanesinde, XVIII. yüzyıl boyunca ortalama olarak 1.500-2000 kantar barut üretilmiştir. Üretilen barut, diğer baruthanelerde olduğu gibi istanbula gönderilerek cebehaneye teslim edilmiştir. Bu baruthanede de istenilen kalitede barut imal edilememiştir. Daha 1724 gibi erken bir tarihte üretilen barutun kalitesi düşük olduğu için baruthane nazırı uyarılmıştır. Bu tarihte baruthanede üretilen barutun test ettirildiği, ancak 12, 13 ve en son 16 kerte ayarında olduğu görülmüştür. Bu ayarda barutun kullanılacak düzeyde olmadığı ve işe yaramadığı belirtilmiştir. Nazırın bundan sonra ingiliz barutu kalitesinde üretime dikkat etmemesi halinde sonuçlarının kendisi için iyi olmayacağı ifade edilmiştir. Hatta 1793 yılında baruthanede üretilen barutların kalitesi çok kötü olduğu için baruthane nazırı görevinden alınmıştır. Bu nedenle baruthane nazırları sürekli uyarılmış, ingiliz ve Felemenk barutu kalitesinde üretim yapmak için çalışmalar başlatılmıştır. Ancak değişen pek bir şey olmamıştır. 1793te Baruthane nezaretinin ihdasıyla Selânik Baruthanesi bu nezarete bağlanmıştır. Baruthane çeşitli tamiratlar geçirmiş, istenilen sonucun alınamaması üzerine 1796 Martında kapatılarak güherçile ocaklıkları, gelirleri, çeşitli malzeme ve araç gereçleri Azadlu Baruthânesine aktarılmıştır.
