Genel olarak homolog DNA'lar arasındaki farkı restriction enzimi yardımı ile ayırt etmeye dayanır. Her restriction enzyme'ın kendince tanıdığı belirli bir alan vardır DNA üzerinde. Aynı enzimi homolog olan DNA'lar üzerine gönderirsin eğer restriction enzyme tarafından kesilmiş homolog olan DNA'larda boy farkı varsa bu DNA'lar aynı bölgeden kesiilmemiş anlamına gelir ki bu da arada fark olduğunu gösterir.
