Portekiz Kralı Sebastianın 1578 yılındaki Vadiül-mehazin Savaşında Osmanlı-Fas kuvvetleri ile savaşırken öldürülmesinden sonra Portekizde karışıklıklar baş göstermiştir. Ailenin son temsilcisi olan Kardinal Henriquede 1580 yılında ölünce bu durumdan istifade etmek isteyen ispanya Kralı II. Felipe Portekiz hanedanı ile olan akrabalığına dayanarak Portekiz ve ispanya krallıklarını şahsında birleştirmiştir.
Portekizliler ancak 1640 yılında Fransa desteği ile ayaklanıp bağımsızlıklarını yeniden kazandılar. Portekizliler bundan sonra Brezilya ve Afrikadaki sömürgelerine yerleşen Hollandalıları buralardan çıkardılar. Fakat Hint ticaret yolunu kaybettiler.
