6 Şubat 1695 günü amcası Padişah ikinci Ahmed'in vefatı üzerine tahtta çıkmıştır.
Tahta geçtiği zaman Osmanlı Devleti, Avusturya ile karada ve Venedik'le deniz ve karada savaşa devam etmekteydi. tahta geçtiğinin üçüncü günü yapacağı işleri anlatan bir hatt-ı hümâyûn yayınladı. Yazısında: “Zevk, sefa ve rahatı kendimize haram eylemişizdir” diyordu.
Yine vezirlerinden birine yazmış olduğu yazı şöyledir: “Bana ağırlık ve hazine lâzım değil. Yerine göre kuru ekmek yerim. Vücudumu din uğruna harcarım. Sıkıntının her çeşidine sabrederim. Milletime hizmet tamam olmadıkça, seferden dönmem. Elbette sefere bizzat kendim giderim”. demiştir.
Padişah ikinci Mustafa döneminde Avusturya üzerine hünkar'ın katıldığı üç büyük sefer düzenlenmiştir.
saltanatında birçok sefere katılan Padişah ikinci Mustafa, tarih 1703 yılına geldiğinde Osmanlı imparatorluğu'nin kötü gidişine dur diyememişti. Padişah ikinci Mustafa 22 Ağustos 1703 tarihinde tahttan indirildi. Yerine kardeşi Padişah üçüncü Ahmed tahta çıkarıldı. Padişah ikinci Mustafa tahttan indirildikten sonra fazla yaşamadı ve 29 Aralık 1703'te vefat etti.
Osmanlı padişahları arasında sefere çıkan son padişahtır. padişah ikinci mustafa'dan sonraki hiçbir padişah bizzat sefere çıkmamıştır. yerlerine paşalarını sefere yollayıp, seferi payitahttan idare etmişlerdir.
