Fenerbahçe genç takımında yetişti. Fenerbahçe formasıyla tam 181 maça çıktı. 121 gol atan Muzaffer Çizer, Zeki Rıza'dan sonra o dönemde yer alan oyuncular arasında tekniği, sert şutları ve takım oyuncusu kimliğiyle ön plana çıkan isimler arasında yer aldı. 2 kez milli formayı da giyen Çizer, santrafor mevkisinde top koşturdu.
