Kazankistan'nın akmecsid şehrinde dünyaya geldi. çocukluğunda idarecilerin haksız uygulamalarına maruz kalan babasının ve yakınlarını çektiği sıkıntıları gördü. Kanunsuz davranışlara karşı hukuk mücadelesi verme amacıyla Petesburg Üniversitesinhde hukuk bölümüne girdi. zekası ve öğrenmeye olan isteğiyle ünlü dil bilgini radloff'un dikkatini çekti. ancak dil alanında çalışmak istemedi.
öğrencilik yıllardında siyasi faaliyetlere kaldı. 1. dünya savaşında türkistanlı gençeleri askere almak isteyen çar hükümütine karşı başlayan ve binlerce insanın ölümüne yol açan isyanın soruşturluması ve meselenin dumaya taşınmasında önemli rol oynadı.
ekim ihtilali ile bolşeviklerin güçlenmesi türkistan müslümanların taşkat'teki siyasi faaliyetlerini sona erdirince hokand'da ortaya asya türk tarihinde ilk modern devlet yapılmasını olan türkistan muhtariye ilan edildi. kurulun hükümette mustafa şokay önce dışişleri bakanı, ardından başbakan olarak görev aldı. düzenli ordu teşkili yolunda, eğitim ve ekonomik alanlarda kaunnlar çıkarıldı, önemli adımlar atıldı. Ancak bolşevik kuvvetleri iki ay sonra türkistan muhatriyeti'ni dağıttı. l hakkında ölüm emri çıkartılan şokay, taşkent'e kaçarak bir süre gizlendi, rus allı mariye yakovlevna ile evlendi. Taşken'ten orenburg'a eçerek bökeyhan, baytursun ve duvlatov gbii kazar alaş milli hareketinin liderleri ve başkurtlar'ın lideri zeki velidi ile toplanlar yaptı.
öğrencilik yıllarıdan itibaren türkçülük ve cedidcilik akımlarını benimseyen şokay'ın siyasi fikirlerin oluşumasında kazak alaş milli hareketinin lideri bökeyhanov'un büyük etkisi olmuştur. Yurdunun bağımsızlığa ve milli bir yönetime kavuşması idaeli yanında bulundugğu çoğrafya sebebiyle türkistan haklarının siyasi birlik oluşturmaların gerekliliğin savundu. ona göre bütün türk dünyası için böyle bir birlikten bahsedilmez, ancak türk dünyasının kültürel birliğin oluşturulması şarttır.
