Fatih'de Vatan Caddesi ile Halıcılar Caddesinin birleştiği noktada sağ köşe üzerinde bulunmaktadır. Farklı devirlerde inşa edilmiş birbirine bitişik iki kilisesi ve mezar şapelinden oluşan yapı Bizans eseridir. Esası Constantinos Lips Manastırı'dır. 907 yılında ölen Costantinos Lips tarafından manastırın kilisesi olarak yaptırılıp Meryem'e ithaf edilmiştir. Bizans imparatorluğu'nun son sülalesi olan Paleologoslar döneminde bazı yeni kiliseler inşa edilmiş, diğerleri ise onarılmıştır. imparator II. Mikhail'in (1261-82) eşi Theodora, 907 tarihli Constantin Lips Manastırı Kilisesinin yanına Vaftizci Yahya'ya adadığı loannes Prodromos Kilisesi (Fenari isa Camii)'ni inşa ettirmiştir. Yapıda iki kilise bulunmaktadır. Kuzey kilise, Constantinos Lips; güney kilise ise, Theodora tarafından yapılmıştır.
Molla Fenari isa Camii'ni mimarlık tarihi açısından önemli kılan özellik ise, Kubbenin dört tarafında, dört küçük şapelin bulunmasıdır. Bu özelliği başka hiçbir Bizans kilisesinde bulmak mümkün değil.**
