hikayesi trans-sibirya hattı yapılırken köle gibi kullanılan kazan tatarlarının(kazan türklerinin) bir kısmının kaçması ve bunlardan bazılarının japonyaya yerleşmesi sonucu başlamıştır.
söylenene göre 1920'li yıllarda uzun bir yolculuktan sonra kobe'ye yüz aile ulaşmış. şimdi trans-sibirya 1916 yılında bittiğine göre bu aileler ve diğer şehirlere yerleşen aileler öncelikle bu hat üzerinde yurt tutmuşlar, sonradan bir kısmı kobe'ye geçmiş. kobe camii müslüman toplum için bir ihtiyaç olduğu zaman para toplanmış, yardım alınmış ve 1935-1936'da kobe'de bu camiyi yapmışlar.
bu yüz aileden şu an bir tanesi orada yaşıyormuş onlar da kobe camii'nin ilk imamının torunları.
hem tokyo'daki hem de kobe'deki kazan türklerinin çoğu amerika ve türkiye'ye gitmiş. bu cami savaştan ve depremlerden tabiri caizse sağ çıkmış, şu an bölgede önemli bir tarihi/turistik bir yapıdır.
