Arnavut olup yeniçeri ocağının samsuncu ortasından (bölüğünden) yetişerek odabaşı, yayabaşı (bölük kumandanı) ve samsuncubaşı olup Bağdat'ın geri alınışında zagarcıbaşılıkla orada kalmış ve istanbul'a geldikten sonra 1645'de kul kethüdası olup Yusuf Paşa ile birlikte yeniçeri kuvvetlerine kumandan olup Girit'e giderek Hanya'nın zaptından sonra sekbanbaşı olmuştur.
Murat Ağa'nın Girit'te canla başla faaliyeti görülüp 1648'de sekbanbaşılıktan azlinden sonra istanbul'a, gelerek IV. Mehmet'in cülusu esnasında yeniçeri ağalığına tayin olunmuş ve Sofu Mehmet Paşa 'nın azli üzerine sadrAzam olmuştur 1649 Haziran).
Kara Murat Paşa vezir-i Azam olunca, arkadaşı olan ocak ağaların her işe burunlarını sokarak hükümet işlerinin iyi gitmemesine sebep olduklarını görerek selefine yaptığı başına gelmiş ve bu yüzden ağalarla arası açılmıştır. Bunun üzerine sadrazam olmak isteyen yeniçeri ağası Kara Çavuş Mustafa, Küçük Valide Turhan Sultan'a intisab etmesi dolayısıyla o vasıta ile Kara Murat Paşa'yı öldürtmek istemiştir.
Vaziyetini tehlikeli gören Kara Murat Paşa, düşünceli hareket ederek istifa ile Budin valiliğinin kendisine verilmesini rica edip gerek, pâdişâha ve gerek Büyük Valide Sultan'a ocaktan vezir-i azam yapılmayarak Melek Ahmet Paşa'yı sadarete getirmelerini tavsiye eylemiş olduğundan söylediği gibi mühr-i hümayun, bir gün evvel Bağdat valiliğine tayin olunan Melek Ahmet Paşa'ya verilmiştir (1650 Ağustos). Kara Murat Paşa 1653 YILINDA da Budin'den azlolunarak istanbul'a gelip 1653 Aralık'ta kaptân-ı derya olmuş, Girit'e asker ve zahire götürmek üzere boğazdan çıktığı sırada donanmayı geçirmemek isteyen Venedik donanmasını mağlûp ederek Girit'e gidip dönmüştür.
Kara Murat Paşa, ertesi sene yine denize çıkmak üzere hazırlandığı sırada aleyhine hareket eden sadrazam ibşir Mustafa Paşa'ya karşı düzenlettiği ocaklı isyanı neticesinde ibşir mustafa Paşa 'nın katli üzerine ikinci defa sadrazam olmuştur ( 1655 Mayıs).
Kara Murat Paşa bol vaadlerle isyan ettirdiği ocaklılara para yetiştiremediği gibi her taraftan vaki müdahalelerden usanarak 3 ay sonra tekrar istifa ile Şam valiliğine tayin olunmuş 1655 Ağustos'ta o tarafa hareket edip yolda hummaya tutulup Hama kasabasına geldiği zaman vefat etmiş ve oraya defnedilmiştir. Her iki defasında sadareti 1.5 sene kadar olup ölümünde 60 yaşında idi.
Kara Murat Paşa, cesur ve iyi görüşlü idi; icabında etkili konuşması ile etrafını tahrikte mahareti vardı. Her iki sadaretinde de aleyhine olan tehlikeli durumu görünce işin içinden sıyrılmasını bilmiştir. Avcı Sultan Mehmet bunun kucağında sünnet olmuştur. Müneccimlerin kehanetlerine inanarak sadaretinin uzun süreceğini zannetmiş ise de bunun asılsız olduğuna sonradan kendisi de inanarak çekilmiştir.
