Her yıl milyarlarca ton kanalizasyon suyu denizlere,göllere ve akarsulara boşaltılıyor.Bu suların canlılar üzerindeki olumsuz etkilerinden biriiokyanus ekosistemlerinin dengesinin bozulmasına yol açması. Okyanuslara dökülen kanalizasyon sularıyla ilgili bir başka sorunda,insanlara ve denizlerdeki canlılara zararlı parazit ve bakteriler.Dünyanın kimi bölgelerinde kanalizasyon suları özel tesislerde arıtılıyor.Ancak,bu tesisler yeterince yaygın değil.
