Mısıroğlu, hakkında 163. maddeye istinaden açılan davaları ortadan kaldırmak amacıyla 1977 Türkiye genel seçimlerinde genel başkanlığını Necmettin Erbakan'ın üstlendiği Millî Selamet Partisi'nden (MSP) Trabzon Türkiye Büyük Millet Meclisi Milletvekili adayı oldu. Listede ikinci sıraya koyulması sebebiyle milletvekili seçilemeyen Mısıroğlu, ertesi yıl aynı partinin istanbul'dan Senato adayı olmuş, fakat yine ikinci sıraya koyulduğu için kazanamamıştır. 1978 yılında MSP Genel idare Kurulu'na seçildi. 12 Eylül Darbesi ile MSP Genel idare Kurulu hakkında tevkif kararı verilince hakkında daha önceden açılmış olan davaların MSP davasıyla birleşmesinden doğacak ağırlıktan dolayı yurt dışına gitmek zorunda kaldı.
Mısıroğlu, Türkiye'den ayrılmasının ardından ailesini de Almanya'ya getirtti. 1983 yılı başlarında gazete, radyo ve televizyon anonslarıyla Türkiye'ye dönmeye davet edilen Kadir Mısıroğlu, bu davetlere uymadığı için Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlığından çıkarıldı. Bu sebeple Birleşik Krallık'tan siyâsî iltica hakkı istedi. Bunun için 7 Eylül 1983 tarihli ve 18158 numaralı kararın yayınlandığı Resmî Gazete'yi göstermesi yetti. Sonrasında ailesinden kalan gayri menkulleri hazinece haraç-mezat sattırıldı. Ailesiyle Londra'da yaşarken geçimini sağlayacak bir iş kuramadığından bir buçuk yıl sonra mecburen Almanya'ya döndü. 11 yıllık yurt dışı hayatından sonra 1991 yılında Türkiye'ye geri dönen Mısıroğlu, çalışmalarına devam etti.
