jüpiterin atmosferi kütlece %76 hidrojen ve %24 helyumdan oluşmaktadır. bu gazlar günesi oluşturan gazlardır jüpiter son dakika güneş olmaktan vazgeçmiştir.
jüpiter'in iç yapısında, hidrojen, helyum, su buharı, metan, amonyak ve diğer gazlardan oluşan atmosferinin altında 20000 km kalınlığında sıvı hidrojen tabakası, onun altında çekirdeği kaplayan 40000 km kalınlığında metalik hidrojenden oluşan manto tabakası ve en içteki demir ve ağır metallerden oluşan çekirdek bulunur. kimi bilim adamları, jüpiter'deki yoğun basınç ve yüksek ısı altındaki metanın elmasa dönüştüğünü ileri sürmektedirler.
çok küçük olan katı çekirdeğe dışında minyatür bir güneş gibi hemen hemen tümüyle gazan oluştuğu için jüpiter diğer gezegenlerden farklı görünür. jupiter e baktığınızda kalın çok katmanlı atmosferinin yaklaşık 1000 kilometre yüksekliğinde bulutlarının üstünü görürsünüz. büyük bölümü hidrojen ve helyumdan oluşan bu atmosfer gezegeni gazdan oluşan bir okyanus gibi kaplar. gezegenin içinden yükselen ısıda atmosferin alt katmanlarında şiddetli fırtınalar yaratır.
