gıda sanayiinde kurallara uygun üretim yapılıp yapılmadığını ve ürünün kalitesini tespit etmede kullanılırlar. her gıda için indikatör mikroorganizma farklıdır. ilgili kamu kuruluşlarınca belirlenen indikatör mikroorganizmaların yanısıra, gıda işletmelerinin kendi kalite programlarına uygun farklı indikatör mikroorganizmaları kullanması mümkündür.