ariel sharon'un yahudilerin girmesinin yasak olduğu beytüllahim'e girmesi ve müteakip cuma namazı sonrası filistinlilere el aksa camiinde ateş açılması sonucu ateşlenen ikinci intifadanın esas sebepleri oslo barış sürecinin sonunda israil'in anlaşmalara uymaması yani işgal ettiği topraklardan çekilmemesi ve filistinlilerin kendilerini bütün bu süreç sonunda kandırılmış hissetmeleri;israil'i masada daha fazla taviz vermeye itecek şeyin silahlı mücadele olduğunu düşünmeleri ve el fetih'in üst düzey yöneticilerin bürokrasi içindeki rüşvet ve yolsuzluklara göz yummasıdır.
yani el aksa intifadası yalnızca israile karşı değil aynı zamanda filistin yönetimine karşı da bir başkaldırıdır. uluslararası kamuoyunun gündemine "çapraz ateşte" kaldıkları söylenen bir baba ile oğlunun varillere sıkıştırılıp taranmasıyla oturan el aksa intifadasında ilk intifadan farklı olarak yalnızca taşlar değil,silahlar,füzeler ve intihar bombacıları da kullanılmış;intifada kitle hareketi olmaktan çok hamas,islami cihad ve el fetih'in tanzim kolunun organize ettiği bir başkaldırı halini almıştır. bu ise el aksa intifadasının ilki kadar başarılı olamamasına yol açmış,11 eylül saldırılarından sonra bush doktrini ile uluslararası hukuka sokulmaya çalışılan önleyici vuruş kavramına sığınan ariel sharon'un ramallah ve cenin'e saldırmasına meşru(!) zemin hazırlamıştır.
