Nahcivan'da başladığı eğitimine istanbul'da devam etti. Mülazım olarak öğretim hayatına başlayan Hanefi Mehmed Efendi, Sahn-ı Seman, Beyazıt ve Selimiye Medreselerinde müderrisliğe devam etti. Medine, Mısır ve Edirne kadılıklarında bulundu. 1651 yılında şeyhülislamlık makamına getirildi ancak Ebusaid Mehmed Efendi'nin taraftarlarının kışkırtması neticesinde şeyhülislamlık makamından alınarak Rumeli kazaskerliğine atandı. Hocazade Mesud Efendi'den sonra şeyhülislamlık makamına getirildi ancak ihtiyarlığı sebebiyle bu makamında kısa süre kalabildi. Sultan ibrahim'in hal'inde ve sonraki süreçte etkili olmuştur. 1 Ekim 1658 tarihinde ölmüştür.
