Gelibolu Baruthanesi genellikle donanmanın ihtiyaçlarını karşılamaya yönelik olarak üretim yapmıştır. Savaşların uzun sürmesi halinde Selânik ve izmir Baruthanelerinde de donanma için barut üretilmiştir.
Gelibolunun doğusunda Okmeydanı denilen yerde Hamza Bey limanına hakim bir noktada kurulmuştur. Gelibolu Baruthanesinin kurulduğu tarih kesin olarak saptanamamıştır. Baruthanenin, Gelibolu Tersanesiyle beraber olarak Yıldırım Bayezid tarafından kurulmuş olabileceği tahmin edilmektedir.
Gelibolu Baruthanesinin idaresi bir nazır tarafından yürütülmüştür. Ancak nazırlar yerlerine bir vekil atayarak vekilleri aracılığıyla baruthaneyi yönetmişlerdir. Meselâ 1172/1758 senesindeki işlemlerde, nazır olan Elhac Hasan Ağanın vekili Salih Ağanın adı geçmektedir. Nazırların doğrudan görevlerinin başında olmamaları, baruthanede üretilen barut kalitesinin düşük olmasının başlıca nedenleri arasında yer almaktaydı.
Baruthanenin güherçilesi Üsküp, Filibe, Tatarpazarı ve Pazarcık Sancaklarından sağlanmıştır. Çeşitli nedenlerden dolayı bu bölgelerden güherçile temin edilemediği zaman, Anadoludaki ocaklardan güherçile talep edilmekteydi. Meselâ 1150/1737 senesinde Üsküp, Filibe, Tikveş, Köprülü ve Pazarcıkta 200den fazla kazgan kurulup güherçile imal olunurken, bölgede isyan çıkması üzerine üretim durmuştur. Bunun üzerine baruthane nazırı Elhac Hüseyin, Anadolu güherçile ocakları Karahisar-ı Sahip ve Sivrihisardan, 20.000 vukıyye güherçilenin Gelibolu Baruthanesine gönderilmesini istemiştir. Bu işlem yapılırken istanbul Baruthanesi nazırıyla bir ihtilafa düşmekten çekinmiştir. Elhac Hüseyin merkezden, istanbul Baruthanesi nazırının güherçile gönderilmesini engellememesini istemiştir.
Diğer baruthaneler gibi, Gelibolu Baruthanesinin de en büyük problemi güherçile temini olmuştur. Güherçile kaçakçılığı zaman zaman üretimde aksamalara yol açmıştır. Meselâ, 1787 yılında Filibe, Üsküp, Sofya, Pazarcık, Karlıovada bazı kişilerin yasal olmayan şekilde dinkler ve kazganlar kurarak barut ürettikleri tespit edilmiştir. Bu nedenle baruthane nazırı güherçile temin etmekte zorlanmış ve bu tür faaliyetlerin önüne geçilmesini istemiştir.
Gelibolu Baruthanesinde üretilen barutun maliyeti, istanbul Baruthanesinde üretilen barutun maliyetine yakın oranlarda seyretmekteydi. Meselâ 1181/1767-68 senesinde 1.000 kantar barut için 18.685,5 guruş masraf yapılmıştır. Bu yıl içinde 1 kantar barutun maliyeti 18.6 guruş olmuştur. Aynı miktar üretim için ertesi yıl 20.115,5guruş harcama yapılmış ve 1 kantar barutun maliyeti.11 guruşu bulmuştur. 1769-70 senesinde 1 kantar barut için 19.38 guruş, 1184 senesinde ise 19.40 guruş harcanmıştır.
Bu rakamlardan devletin 1760lardan sonra meydana gelen fiyat artışını Gelibolu Baruthanesinde de karşılamadığı anlaşılmaktadır. Rakamlar arasındaki hafif oynamalara 1768-1774 Osmanlı-Rus Savaşı neden olmuştur. 1794 senesinde mirî alımlara dair politikanın değişmesiyle, Gelibolu Baruthanesinde üretilen barutun maliyetinde de bir artış gözlenmiştir. 1794te 1 kantar barutun maliyeti 33 guruşa yükselmiştir. Buna rağmen ürün kalitesinde bir değişme söz konusu olmamıştır.
Uzun yıllar 1.000-2.000 kantar üretim yapan baruthanede, XVIII. Yüzyılın başından itibaren ingiliz ve Felemenk barutu kalitesinde üretim yapmak için çalışmalarda bulunulmuştur. Ancak genel olarak üretilen barut hiçbir zaman ingiliz barutu kalitesine ulaşamamıştır. Baruthane nazırları sürekli olarak ürettikleri barutun kalitesinin çok kötü olduğu konusunda tenkit edilmişlerdir. Bu nedenle 1793 yılında baruthaneler nazırlığı kurularak, daha iyi barut üretmek için çalışmalara başlanılmıştır. Ali Raik Efendi nezaretinde başlatılan çalışmalar istenilen sonuca ulaşamayınca, Gelibolu Baruthanesi kapatılarak eşyaları yeni kurulan Azadlu Baruthanesine devredilmiştir. Ancak baruthanenin çalışmalarına kesin olarak ne zaman son verdiğini tespit etmek mümkün olmamıştır.