1939 yılında siyasi sorumluluklar yasası, örgütü yasadışı ilan etti ve varlıklarına el konuldu: taşınmazlar, materyaller, araçlar, banka hesapları, kollektifleştirilmiş işyerleri ve dökümanlar. O sıralarda CNT bir milyon üyeye sahipti ve üzerinde büyüdüğü geniş bir tabana sahipti.
CNT ispanya'da Franco rejimi boyunca çalışmalarını yeraltına kaydırdı, ayrıca sürgünde cenetistalar etkinlikler yürüttü. 1948 yılına kadar Francisco Franco rejimine karşı gerilla savaşı biçimde mücadelesine devam etti.
Daha sonraları, ayrılıkçı tutumlar, halk arasında etkinliğin yitirilmesine neden olacak zaafiyetler ortaya çıkardı. 1961 yılında Katolik Hareketin işçi Kardeşliği (HOAC) ve Katolik işçi Gençlik gibi anti-francocu katolik işçi örgütleri içinde anarkosendikalist ilkelere yöneliş sayesinde 1960 ve 1970'li yıllar boyunca örgüt güçlenerek yeniden canlılık kazandı.
