Operasyonlarda bazı sanıklardan ele geçirilen belgelerde Ergenekon'un, örgütün başkanına doğrudan bağlı olan 4 daire komutanlığı ile iki sivil başkanlıktan oluştuğu yazılmaktadır:
1. Ergenekon Başkanlığı
2. istihbarat Dairesi Komutanlığı
3. istihbarat Analiz ve Değerlendirme Dairesi Komutanlığı
4. Operasyon Dairesi Komutanlığı
5. Finansman Daire Başkanlığı (Sivil)
6. Örgüt içi Araştırma Dairesi Komutanlığı
7. Teori Tasarım ve Plânlama Dairesi Başkanlığı (Sivil)
iddianamede, yukarıdaki birimlerden yalnızca Teori Tasarım ve Plânlama Dairesi Başkanlığı'nın hiyerarşik yapısının deşifre edilebildiği ve bu birimin yapısının aşağıdaki gibi olduğu belirtiliyor.
* Gizli ve sivil yapılanma arasında koordinasyonu sağlayan köprü personel: Veli Küçük ve Muzaffer Tekin.
* Lobi yöneticileri: M. Zekeriya Öztürk, Kemal Kerinçsiz, ismail Yıldız ve Erkut Ersoy.
* Sivil Toplum Örgütleri Sorumlusu: Sevgi Erenerol. (yardımcısı) Kemal Kerinçsiz.
* Teori Senaryo, Kara Propaganda ve Dezenformasyon Departmanı Sorumlusu: Doğu Perinçek.
* Mafya Yapılanması Sorumlusu: Veli Küçük. Muzaffer Tekin (yardımcısı)
* irtibat kurulan yeraltı dünyası isimleri: Ali Yasak, Sami Hoştan, Semih Tufan Gülaltay ve Sedat Peker.
* Terör örgütleri sorumlusu: Veli Küçük ve Doğu Perinçek.
* Üniversite yapılanması: Kemal Yalçın Alemdaroğlu, Emin Gürses, Habib Ümit Sayın
* Araştırma ve Bilgi Toplama Departmanı Sorumlusu: Mehmet Zekeriya Öztürk.
* Hukuk departmanı sorumlusu: Kemal Kerinçsiz, Fuat Turgut ve Nusret Senem.
