Balkanlar'daki Müslümanlar arasında geçirdiği yıllar boyunca, Balkan Müslümanları'nın bağımsızlığa kavuşması için gizli çalışmalar yaptı. Yugoslavya'da, Müslüman Gençler Örgütü'nün kurulmasında büyük tesiri oldu. Bosna Hersek'in, Yogoslavya'dan bağımsızlığını kazanmasını sağlayan bu örgütün başında, Emir Şekip Arslan'ın yetiştirdiği ve kendisine çok önem verdiği genç bir isim vardı. Sonraki yıllarda, Bosna Hersek'in ilk devlet başkanı olan bu isim, büyük dava adamı Aliya izzet Begoviç'tir.
