Türkiye'ye göre sorunların ana başlıkları; deniz yetki alanları yani, kara sularının genişliği ve kıta sahanlığı, hava sahaları, aidiyeti belli olmayan adacık ve kayalıklar ile Yunanistan'ın Doğu Ege Adaları'nı silahlandırması.
Yunanistan'a göre ise Ege Denizi'nde iki ülke arasında sadece tek bir anlaşmazlık var; o da kıta sahanlığı.
