toprakta proteinler ve aminoasitler gibi organik azotlu bileşiklerin parçalanması sonucu amonyum iyonlarının nitrat iyonlarına yükseltgenmesi olayına nitrifikasyon denir.nitrifikasyonun aneorob koşullarda gerkleşmesine "denitrifikasyon" denir ve toprakta azot kaybına neden olur.