Buhara Hanlığı, 1599 yılında Bakî Muhammed tarafından bugünkü Özbekistan dolaylarında kurulmuştur. Buhara Hanlığı Fergana ve Belh gibi önemli kentleri elinde bulundurmuştur. Ancak 1740 yılında iran tahtına geçen Nadir Şah önce Maveraünnehir'i ardından Belh'i ele geçirmiştir. Bunun üzerine Buhara Hanı Ebül Faiz, 7 yıl süreyle iran'ın hakimiyetini tanımak zorunda kaldı. Buhara Hanlığı 185 yıllık bağımsızlığı süresince fetih politikası izlemeyip sadece varlığını korumayı amaçlamıştır.
Son Buhara hanı olan Ebül Gazi zamanında, 1758 ve 1785 yılları arasında Buhara Hanlığı Moğol kökenli fakat daha sonra Türkleşmiş Mangıtlar tarafından ele geçirildi. Böylece Buhara Hanlığı'nın başına Ebül Gazi'nin yerine Miranşah Murad geçmiştir. Fakat Mangıtlar zamanında hanlığın sınırları daralmaya başladı ve 19. yüzyılın sonlarına doğru son merkez olan Buhara'nın da Rus işgaline uğramasıyla Buhara Hanlığı Rus boyunduruluğuna girdi ve 1920 yılındaki Sovyet işgaline kadar yarı bağımsız kaldı. Hanlık toprakları 1860'a kadar bugünkü Türkmenistan'ı, Özbekistan'ın batısını ve Kazakistan'ın güneybatısını kapsıyordu.
